Vor der Fue-Haartransplantation wird der Spenderbereich rasiert und ein Einschnitt auf der Haut in kreisförmigen und kleinen Hautabschnitten vorgenommen. Dieser Einschnitt wird wiederholt, bis genügend Follikeleinheiten gesammelt sind, um Follikeleinheiten (1–4 Haare) für die Haartransplantation aufzunehmen. Vor der Transplantatentnahme werden mit einer Nadel mit feiner Spitze kleine Löcher in die Haut im kahlen Bereich gestochen und die Einheiten einzeln mit einer Pinzette unter dem Mikroskop platziert.

Bei der FUE-Methode können lange Haare transplantiert werden, da die Haare der Kopfhaut des Spenders als dünn und lang entnommen werden. Sowohl bei FUE- als auch bei FUT-Verfahren sind die Verfahren grundsätzlich gleich, der Unterschied besteht jedoch im Aussehen des Spenderbereichs, der Quantität und Qualität der erhaltenen Transplantate. Bei der FUE-Technik werden die Haarfollikel gesammelt und einzeln in den gewünschten Bereich transplantiert, sodass keine Stiche erforderlich sind und daher keine Narbenbildung im Spenderbereich auftritt.